Geç bir cevap olacak:
".class" dosyaları compile edilmiş dosyalardır. Not defteri gibi standart bir text editörü ile açarsan, yarısından fazlasının saçma sapan karakterler veya boşluklardan oluştuğunu görürsün.
IntelliJ IDEA üzerinden okunabilir kod görmenin tek nedeni ise, IntelliJ IDEA'nın kendisiyle beraber sunmuş olduğu decompiler. Bu decompiler okunabilir bir kod sunsa da %100 gerçek kodu yansıtmıyor. Bazı durumlarda byte code denen Common Runtime dillerinin anladığı makine kodu halini sunabiliyor. Nihayetinde sana sunduğu dosya "1" ve "0"lardan oluşmuş olan bir dosyanın geçici olarak dönüştürülmüş hali.
Kısacası: ".class" dosyalarını değiştiremezsin(Yeterince cesursan her şey(?) mümkün). ".java" dosyasını derlediğin(compile) zaman sana ".class" dosyası verir. Burdan bul yolunu.
Edit.
IntelliJ IDEA'nın decompiler'ı sunma nedenine gelirsek, günümüzde yazılım geliştiren birçok insanın 3. Parti kütüphane kullanması. Bazı kütüphaneler açık kaynaklı olmayabiliyor veya sunulan kütüphane dosyasına kaynak dosyaları eklenmemiş oluyor. Bu gibi durumlarda yazılım geliştiren kişi bir hata olduğunda nedeninin kendi kodundan mı yoksa, kütüphane kodundan mı olduğunu daha kolay anlamasını sağlıyor. Kısacası "Debug" amaçlı.